Locos de microssatélites são úteis como marcadores genéticos pois são numerosos, ocorrem em todos os cromossomos e possuem um alto nível de polimorfismo. Além disso, podem ser amplificados por meio da PCR e resolvidos em géis de agarose. O maior problema, no entanto, reside no fato de que os primers utilizados em sua amplificação apresentam diferentes comprimentos e composição de nucleotídeos, o que gera a necessidade de otimizar programas de PCR para cada loco. Este trabalho descreve programas de PCR "touchdown" utilizados com sucesso na amplificação de um conjunto de 125 locos de microssatélites de milho escolhidos por serem representativos de todos os cromossomos. Os programas variaram tanto em relação à temperatura de anelamento (Tm), como na concentração dos primers. Assim, os primers puderam ser agrupados em quatro grupos: um grupo maior, constituído por primers que mostraram boa amplificação quando utilizados em um programa básico já publicado porém com concentrações diferentes de primers; um segundo grupo que amplificou em programas alternativos, nos quais as Tm foram modificadas de modo a incluir as Tm de ambos os primers ou a maior Tm do par de primers, estimadas em base da composição nucleotídica dos primers; um terceiro grupo foi composto por primers que amplificaram em programas com Tm mais elevadas que as estimadas, e um quarto grupo, com apenas dois pares de primers, em que a situação oposta ocorreu.
