Nós desenvolvemos uma técnica não-isotópica baseada na PCR para a identificação de mutações completas da síndrome do X-frágil em homens. O método é baseado na PCR específica para metilação do promotor do gene FMR1. Amostras de DNA são tratadas com bissulfito de sódio para converter citosinas não-metiladas para uracilo, seguindo-se amplificação por PCR com oligonucleotídeos iniciadores específicos para DNA metilado versus não-metilado. Desenhamos dois iniciadores: um produz um fragmento de 142 pb da ilha CpG metilada tratada com bissulfito de sódio, enquanto o outro gera um produto de 84 pb do promotor tratado não-metilado. Em homens normais apenas o fragmento de 84 pb é visto, enquanto o diagnóstico da síndrome do X-frágil é indicado duplamente pela aparição do produto de 142 pb e pelo desaparecimento ou visualização muito fraca da banda de 84 pb. Como um controle interno indispensável para avaliação da eficiência do tratamento com bissulfito de sódio, nós usamos iniciadores específicos para a versão materna metilada da ilha CpG do gene SNRPN no cromossomo 15 humano. Com a PCR específica para metilação nós identificamos com sensibilidade e acerto de 100% oito pacientes previamente diagnosticados como tendo a síndrome do X-frágil misturados com 42 controles normais. Dada a sua simplicidade e alta eficiência, a PCR específica para metilação pode tornar-se o método de escolha para o diagnóstico da síndrome do X-frágil em homens com retardo mental.