Agrupamento de acessos e cultivares de três espécies de Brachiaria por RAPD

Ambiel, Ana Claudia; Guaberto, Luciana Machado; Vanderlei, Talita Marques; Machado Neto, Nelson Barbosa

doi:10.4025/actasciagron.v30i4.5298

Resumos

O propósito deste trabalho foi determinar a similaridade genética entre acessos de germoplasma e cultivares comerciais de três espécies de Brachiaria (inter e intraespecífica), por meio de marcadores RAPD. Sementes foram utilizadas como fonte de DNA. 10 "primers" decâmeros foram selecionados de 120 "primers" avaliados, produzindo 107 bandas polimórficas, as quais foram utilizadas para a análise de variância molecular (Amova), o coeficiente de similaridade de Jaccard e índices de fixação gênica. 24,40% da variabilidade genética total estão contidas entre as espécies e 75,60% dentro destas, com índice de fixação gênica (FST) 0,24. No dendrograma, houve a formação de dois ramos, um formado por P. maximum e B. arrecta e o outro subdividido em três: todas amostras de B. ruziziensis; todos os acessos de B. decumbens e três acessos de B. brizantha e o último com dois acessos de B. brizantha mais as B. brizantha comerciais e a B. decumbens cv. 'Basilisk'. Foi possível agrupar os acessos e as cultivares de Brachiaria por meio de RAPD. O índice de variabilidade genética entre espécies foi considerado baixo, sendo inferior a valores determinados em algumas espécies autógamas. B. brizantha apresenta maior variabilidade genética e menor FST indicando maior fluxo gênico intra-específico do que as outras.

Brachiaria; marcadores moleculares; variabilidade genética; dendrograma; índice de fixação gênica

The aim of this work was to determine intra and intergenetic similarity among three Brachiaria species for germplasm accesses and commercial cultivars using RAPD markers. Seeds were used as DNA source. 10 decamer 'primers' were selected among 120 'primers', and 107 polymorphic bands were used to perform the analysis of molecular variance (Amova), Jaccard similarity coefficient and species fixation index. 24.4% of the total variability was contained between species and 75.6% within species, with a species fixation index (FST) of 0.24. The tree showed that two major branches were formed: one with the three outgroup species and another with the species, the latter split into three minor branches: one with all B. ruziziensis samples; another with all B. decumbens accessions and three of B. brizantha; and the last with two B. brizantha accesses, all commercial cultivars and B. decumbens cv. 'Basilisk'. It was possible to group, through RAPD, Brachiaria accesses and cultivars. The genetic variability index between species was considered low, and somewhat low when compared with autogamous species. B. brizantha showed the highest genetic variability and the lowest FST, which means that there is a higher intra specific genetic flux than the others.

Brachiaria; molecular markers; genetic variability; dendrogram; genetic fixation index

GENÉTICA E MELHORAMENTO

Agrupamento de acessos e cultivares de três espécies de Brachiaria por RAPD

RAPD grouping of accesses and cultivars of three Brachiaria species

Ana Claudia Ambiel^I,^* * Autor para correspondência. E-mail: ambiel@unoeste.br ; Luciana Machado Guaberto^II; Talita Marques Vanderlei^III; Nelson Barbosa Machado Neto^I

^IPrograma de Pós-graduação em Agronomia, Universidade do Oeste Paulista, 19067-175, Presidente Prudente, São Paulo, Brasil

^IICurso de Graduação em Biologia, Universidade do Oeste Paulista, Presidente Prudente, São Paulo, Brasil

^IIICurso de Graduação em Zootecnia, Universidade do Oeste Paulista, Presidente Prudente, São Paulo, Brasil

RESUMO

O propósito deste trabalho foi determinar a similaridade genética entre acessos de germoplasma e cultivares comerciais de três espécies de Brachiaria (inter e intraespecífica), por meio de marcadores RAPD. Sementes foram utilizadas como fonte de DNA. 10 "primers" decâmeros foram selecionados de 120 "primers" avaliados, produzindo 107 bandas polimórficas, as quais foram utilizadas para a análise de variância molecular (Amova), o coeficiente de similaridade de Jaccard e índices de fixação gênica. 24,40% da variabilidade genética total estão contidas entre as espécies e 75,60% dentro destas, com índice de fixação gênica (FST) 0,24. No dendrograma, houve a formação de dois ramos, um formado por P. maximum e B. arrecta e o outro subdividido em três: todas amostras de B. ruziziensis; todos os acessos de B. decumbens e três acessos de B. brizantha e o último com dois acessos de B. brizantha mais as B. brizantha comerciais e a B. decumbens cv. 'Basilisk'. Foi possível agrupar os acessos e as cultivares de Brachiaria por meio de RAPD. O índice de variabilidade genética entre espécies foi considerado baixo, sendo inferior a valores determinados em algumas espécies autógamas. B. brizantha apresenta maior variabilidade genética e menor FST indicando maior fluxo gênico intra-específico do que as outras.

Palavras-chave:Brachiaria, marcadores moleculares, variabilidade genética, dendrograma, índice de fixação gênica.

ABSTRACT

The aim of this work was to determine intra and intergenetic similarity among three Brachiaria species for germplasm accesses and commercial cultivars using RAPD markers. Seeds were used as DNA source. 10 decamer 'primers' were selected among 120 'primers', and 107 polymorphic bands were used to perform the analysis of molecular variance (Amova), Jaccard similarity coefficient and species fixation index. 24.4% of the total variability was contained between species and 75.6% within species, with a species fixation index (FST) of 0.24. The tree showed that two major branches were formed: one with the three outgroup species and another with the species, the latter split into three minor branches: one with all B. ruziziensis samples; another with all B. decumbens accessions and three of B. brizantha; and the last with two B. brizantha accesses, all commercial cultivars and B. decumbens cv. 'Basilisk'. It was possible to group, through RAPD, Brachiaria accesses and cultivars. The genetic variability index between species was considered low, and somewhat low when compared with autogamous species. B. brizantha showed the highest genetic variability and the lowest FST, which means that there is a higher intra specific genetic flux than the others.

Key words:Brachiaria, molecular markers, genetic variability, dendrogram, genetic fixation index.

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Agradecimentos

Ao Programa de Pós-graduação da Universidade do Oeste Paulista, pela disponibilização de recursos financeiros e equipamentos para a realização das análises moleculares. E a Embrapa Gado de Corte que, gentilmente, cedeu material do banco de germoplasma, sem o qual não seria possível a realização deste trabalho.

Received on April 03, 2007.

Accepted on October 16, 2007.

ASSIS, G.M.L. et al. Análise discriminante e divergência genética em espécies de Brachiaria In: SCHENK, M.A.M. (Ed.). Despertando vocações: a Embrapa Gado de Corte pesquisando com o estudante. Campo Grande: Embrapa Gado de Corte, 2001. p. 18 (Documentos).
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*

Autor para correspondência. E-mail:

ambiel@unoeste.br

Datas de Publicação

Publicação nesta coleção
27 Jun 2013
Data do Fascículo
Dez 2008

Histórico

Aceito
16 Out 2007
Recebido
03 Abr 2007

This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.

[1] ASSIS, G.M.L. et al. Análise discriminante e divergência genética em espécies de Brachiaria In: SCHENK, M.A.M. (Ed.). Despertando vocações: a Embrapa Gado de Corte pesquisando com o estudante. Campo Grande: Embrapa Gado de Corte, 2001. p. 18 (Documentos).

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[33] SWEENEY, P.M.; DANNEBERGER, T.K. Random amplified polymorphic DNA in perennial ryegrass: a comparison of bulk samples vs. individuals. Hortscience, Alexandria, v. 29, n. 6, p. 624-626,1994.

[34] UBI, B.E. et al. Genetic diversity in diploid cultivars of rhodes grass determined on basis of amplified fragment length polymorphism markers. Crop Sci., Madison, v. 43, n. 4, p. 1516-1522, 2003.

[35] VALLE, C.B. Coleção de germoplasma de espécies de Brachiaria no CIAT: estudos básicos visando ao melhoramento genético. Campo Grande: Embrapa-CNPGC, 1990. (Documento, 46).

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[38] WEIR, B.S. Genetic data analysis: methods for discrete population genetic data. Sunderland: Sinauer Associates, 1990.

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[40] YANAKA,Y.F. et al. Variabilidade genética em populações naturais de Bromus auleticus Trin. ex Nees (Poaceae) com base em isoenzimas e marcadores RAPD. Rev. Soc. Bras. Zootec., Viçosa, v. 34, n. 6, p. 1897-1904, 2005.

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Agrupamento de acessos e cultivares de três espécies de Brachiaria por RAPD

RAPD grouping of accesses and cultivars of three Brachiaria species

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