Após o diagnóstico, em 1992, de 2 pacientes eliminando esporos de microsporídeos, o presente estudo foi realizado com o objetivo de determinar a ocorrência destes organismos em pacientes HIV-positivos com diarréia crônica sem etiologia definida. O grupo estudado era constituído de 13 pacientes acompanhados no Hospital Evandro Chagas, IOC, FIOCRUZ. Amostras fecais de cada paciente foram examinadas pelos métodos de rotina, além de colorações especiais para a pesquisa de Cryptosporidium e de microsporídeos. Esporos de microsporídeos foram observados nas fezes de 6 (46,1%) dos 13 pacientes. Em 2 a confirmação foi feita por biópsia de jejuno, pela observação de formas evolutivas intracelulares do parasito. Os pacientes infectados por microsporídeos apresentaram diarréia crônica com uma média de 6 evacuações diárias, fezes amolecidas ou aquosas, sem leucócitos ou hemácias. Outros sinais e sintomas incluíram dor abdominal difusa, náuseas, vômitos, anorexia e caquexia. Em 5 dos pacientes positivos o tratamento com Metronidazol (1,5 g/dia) foi iniciado. Todos apresentaram melhora das manifestações clínicas, inclusive com ganho ponderal. Entretanto, todos continuaram eliminando esporos de microsporídeos e houve recorrência da diarréia a partir da 4ª semana de tratamento com Metronidazol. Em 2 dos pacientes foi utilizado Albendazol (400 mg/dia / 4 semanas), com aparente melhora clínica. A microsporidiose intestinal parece ser doença terminal, pois dos 6 pacientes positivos estudados, apenas 1 continuava vivo após 6 meses de observação. Os dados obtidos sugerem que estas infecções são importantes entre os pacientes com AIDS também no Brasil, de forma semelhante ao que ocorre em outras partes do mundo.