No presente estudo, nós reportamos os resultados de uma análise, baseada na sorotipagem, multilocus enzimático (MEE) e ribotipagem de N. meningitidis sorogrupo C isoladas de paciente com doença meningocócica no Rio Grande do Sul (RS) e Santa Catarina (SC), onde o Centro de Controle Epidemiológico do Ministério da Saúde detectou um aumento do número de casos de doença meningocócica (DM) devido a este sorogrupo nos últimos 2 anos (1992-1993). Nós demonstramos que a DM devido a cepas de N. meningitidis sorogrupo C no RS e SC que ocorreram nos últimos 4 anos foi devido principalmente por um clone (ET 40), com isolados indistinguíveis por sorogrupo, sorotipo, subtipo e até por ribotipagem. Um pequeno número de casos que não foram devidos a cepas do ET 40 representaram um grupo geneticamente relacionado, que provavelmente é uma nova linhagem gerada do clone ET 40, referido como complexo ET 11 A. Nós também analisamos cepas de N. meningitidis sorogrupo C isoladas na grande São Paulo em 1976 como um grupo representativo do primeiro ano pós-epidêmico na região. A ribotipagem, bem como MEE, puderam fornecer informações sobre as características clonais das cepas isoladas no período pós-epidêmico e também no Sul do Brasil. As cepas de 1976 possuem mais similaridades com as cepas endêmicas atuais do que com as cepas epidêmicas (1992-1993) por ribotipagem, sensibilidade a sulfonamida e MEE. Em conclusão, sorotipagem com anticorpos monoclonais (C:2b:P1.3), MEE (complexo ET11 e ET11A) e ribotipagem usando a enzima de restrição ClaI, foram úteis em caracterizar estas cepas epidêmicas de N. meningitidis relacionadas com o aumento da incidência da DM em diferentes estados do sul do Brasil. É muito provável que estas cepas de N. meningitidis sorogrupo C possuam pouca ou nenhuma correlação genética com as cepas epidêmicas sorogrupo C de 1971-1975. A similaridade genética dos membros do complexo ET 11 e ET 11A foram confirmadas por ribotipagem usando-se 3 enzimas de restrição.