O perfil isoenzimático (PI) de 33 cepas de E. histolytica, isoladas das regiões Amazônica e Sudeste do Brasil foi determinado. Foram consideradas as enzimas fosfoglicomutase, glicose fosfato isomerase, hexoquinase e enzima málica. O perfil obtido para cada cepa foi correlacionado com o meio e o tempo de manutenção em cultivo e com a história clínica do paciente. As cepas foram mantidas sob condições de cultivo axênico, monoxênico e polixênico: 27 polixênico, 1 polixênico e monoxênico, 1 polixênico, monoxênico e axênico e 4 somente em cultivo axênico. Os pacientes apresentaram sintomas ou não. Os pacientes sintomáticos apresentaram colite disentérica (CD) ou colite não disentérica (CND), associada ou não com abscesso hepático (AH). Um paciente apresentou ameboma anal (AM). A análise do PI das diferentes cepas mantidas em cultivo polixênico mostrou um PI não patogênico (I) para as cepas isoladas de portadores e pacientes com CND, enquanto as cepas isoladas de pacientes apresentando CD, AH ou AM resultou em isolados com PI patogênico (II e XIX). Analisando o PI das cepas mantidas em cultura axênica ou monoxênica, verificamos a inabilidade deste parâmetro para diferenciar cepas isoladas de portadores daquelas isoladas de pacientes sintomáticos. Todas estas cepas apresentaram PI patogênico, demonstrando a inabilidade deste parâmetro para classificar quanto à virulência.