Genetic diversity of <i>Xylella fastidiosa</i> in citrus producing regions in the state of Bahia, Brazil

Casais, Vinicius Oliveira; Patrocínio, Epaminondas do; Oliveira, Saulo Alves Santos de; Schnadelbach, Alessandra Selbach; Barbosa, Cristiane de Jesus; Barbosa, Luciana Veiga

doi:10.1590/S0100-204X2014000100004

Vinicius Oliveira Casais

Universidade Federal da Bahia, Instituto de Biologia, Laboratório de Genética e Evolução Vegetal, Rua Barão de Jeremoabo, no 147, Campus de Ondina, CEP 40170-290 Salvador, BA, Brasil. E-mail: viniciuscasais@gmail.com, alessandra.schnadelbach@gmail.com, veiga@ufba.br

Epaminondas do Patrocínio

Embrapa Mandioca e Fruticultura, Rua Embrapa, s/no, CEP 44380-000 Cruz das Almas, BA, Brasil. E-mail: epaminondas.patrocinio@embrapa.br, saulo.oliveira@embrapa.br, cristiane.barbosa@embrapa.br

Saulo Alves Santos de Oliveira

Embrapa Mandioca e Fruticultura, Rua Embrapa, s/no, CEP 44380-000 Cruz das Almas, BA, Brasil. E-mail: epaminondas.patrocinio@embrapa.br, saulo.oliveira@embrapa.br, cristiane.barbosa@embrapa.br

Alessandra Selbach Schnadelbach

Universidade Federal da Bahia, Instituto de Biologia, Laboratório de Genética e Evolução Vegetal, Rua Barão de Jeremoabo, no 147, Campus de Ondina, CEP 40170-290 Salvador, BA, Brasil. E-mail: viniciuscasais@gmail.com, alessandra.schnadelbach@gmail.com, veiga@ufba.br

Cristiane de Jesus Barbosa

Embrapa Mandioca e Fruticultura, Rua Embrapa, s/no, CEP 44380-000 Cruz das Almas, BA, Brasil. E-mail: epaminondas.patrocinio@embrapa.br, saulo.oliveira@embrapa.br, cristiane.barbosa@embrapa.br

Luciana Veiga Barbosa

Universidade Federal da Bahia, Instituto de Biologia, Laboratório de Genética e Evolução Vegetal, Rua Barão de Jeremoabo, no 147, Campus de Ondina, CEP 40170-290 Salvador, BA, Brasil. E-mail: viniciuscasais@gmail.com, alessandra.schnadelbach@gmail.com, veiga@ufba.br

Figures (4)
Tables (3)

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Figura 1
Produtos de amplificação do DNA de Xylella fastidiosa em gel de poliacrilamida a 5%. A, amostras de campo da região do Recôncavo Sul da Bahia amplificadas com o iniciador CSSR20; B, amostras de campo do Litoral Norte da Bahia amplificadas com o iniciador OSSR17. M, marcador de peso molecular de 100 pares de bases (bp); P e N, amostra positiva e negativa para a bactéria, respectivamente. A seta indica o fragmento de 200 pb.

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Figura 2
Análise de agrupamento de populações de Xylella fastidiosa das regiões do Recôncavo Sul (REC1 a REC4) e do Litoral Norte (LIT1 a LIT4) do Estado da Bahia, com base no índice de similaridade genética de Nei (1978), obtido a partir de marcadores SSR, e no método de Ward. SPO, amostras do Estado de São Paulo.

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Figura 3
Análise de detecção de pools gênicos das populações de Xylella fastidiosa do Recôncavo Sul (REC1 a REC4) e do Litoral Norte (LIT1 a LIT4) do Estado da Bahia e de amostras de São Paulo (SPO), com uso do programa Structure 2.3.

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Figura 4
Rede de haplótipos (h) encontrados nas populações do Litoral Norte (LIT1 a LIT4) e do Recôncavo Sul da Bahia (REC1 a REC4). As cores indicam os pomares com presença dos haplótipos. Os círculos pretos indicam a distância entre os haplótipos em relação ao número de mutações pontuais.

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Tabela 1
Regiões, populações do Recôncavo Sul (REC1 a REC4) e do Litoral Norte (LIT1 a LIT4), tamanho amostral, número de loci, número de haplótipos observados (gobs), percentagem de loci polimórficos (P%), e índices de Stoddart e Taylor (G) e Hills (N1)(1).

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Tabela 2
Matriz de similaridade genética de Nei(1) entre populações do Recôncavo Sul (REC1 a REC4) e do Litoral Norte (LIT1 a LIT4) do Estado da Bahia e de amostras do Estado de São Paulo (SPO), com base em dados SSR.

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Tabela 3
Análise de variância molecular entre as populações de Xylella fastidiosa provenientes do Recôncavo Sul e do Litoral Norte do Estado da Bahia, com base em marcadores SSR.

Região/População	Tamanho da amostra	Número de loci	Índices de riqueza		Índices de diversidade
			g_obs	P (%)	G	N₁
Recôncavo Sul
REC1	10	6	3	13,64	1,85 (0,99–2,71)⁽¹⁾ (1) Números entre parênteses indicam o intervalo de confiança calculado por 'bootstrap' com 1.000 repetições	2,23(1,67–3,15)
REC2	10	10	6	36,36	3,33 (1,59–5,07)	4,47(2,69–6,25)
REC3	10	8	6	22,73	4,17 (2,46–5,88)	5,00 (3,35–6,65)
REC4	11	7	4	18,18	2,20 (1,10–3,30)	2,81 (1,63–3,99)
Total	41	7,75⁽²⁾ (2) Média	15	22,72⁽²⁾ (2) Média	4,34 (2,42–6,26)	7,65 (5,24–10,06)
Litoral Norte
LIT1	10	9	5	31,82	4,17 (2,92–5,42)	4,50 (3,27–5,73)
LIT2	10	14	9	59,09	8,33 (6,31–10,35)	8,70 (6,66–10,74)
LIT3	10	13	9	54,55	7,12 (4,96–9,28)	8,15 (5,95–10,35)
LIT4	11	12	10	50,00	10,00 (7,90–12,10)	10,00 (7,94–12,06)
Total	41	12,2⁽²⁾ (2) Média	29	48,86⁽²⁾ (2) Média	21,83 (17,62–26,04)	25,42 (21,68–29,16)
Estado da Bahia	82		44	22	14,49 (8,98–20,00)	27,88 (22,71–33,05)
Média geral		10,22		37,88

	REC2	REC3	REC4	LIT1	LIT2	LIT3	LIT4	SPO
REC1	0,968	0,988	0,991	0,699	0,718	0,718	0,740	0,893
REC2		0,967	0,952	0,708	0,736	0,736	0,757	0,891
REC3			0,992	0,717	0,728	0,731	0,745	0,891
REC4				0,723	0,736	0,735	0,754	0,891
LIT1					0,949	0,972	0,963	0,731
LIT2						0,964	0,980	0,783
LIT3							0,969	0,754
LIT4								0,812

Fonte de variação	Graus de liberdade	Soma dos quadrados	Componentes de variância	Percentual de variação	Valor de p
Entre populações	8	133,864	1,505	53	0,001
Dentro de populações	83	111,918	1,348	47	0,001
Total	91	245,783	2,854	100

[TFN01t01] ⁽¹⁾
Números entre parênteses indicam o intervalo de confiança calculado por 'bootstrap' com 1.000 repetições

[TFN02t01] ⁽²⁾
Média

Brasil

Brasil

Genetic diversity of Xylella fastidiosa in citrus producing regions in the state of Bahia, Brazil