A variação na tolerância salina na germinação dentro de seis populações naturais de Stylosanthes humilis, provenientes de três regiões ecogeográficas do Estado de Pernambuco, Mata (clima tropical úmido), Agreste e Sertão (clima tropical semiárido), foi determinada submetendo-se sementes para germinar em NaCl 201 mM. Os resultados mostraram diferenças significativas entre famílias de todas as populações para porcentagem de germinação e de cinco populações para velocidade de germinação, com exceção da população Tamandaré (Mata). As populações das regiões semiáridas mostraram altos coeficientes de variação genética, sendo as do Agreste maiores que as do Sertão. As populações da Mata apresentaram baixos coeficientes de variação genética. Os coeficientes de determinação genotípica foram altos para todas as populações, com exceção de Tamandaré, tanto para porcentagem de germinação ( > ou = 0,89), como para velocidade de germinação ( > ou = 0,79), indicando a possibilidade de seleção para tolerância salina na germinação nessas populações. Foram também realizadas análises de isoenzimas de esterases e peroxidases e estabelecidas correlações entre tolerância salina e freqüências alélicas dessas populações. A análise de famílias sensíveis e tolerantes ao sal de populações do Agreste mostrou uma associação de alelos de um loco de peroxidase com a tolerância salina durante a germinação na população proveniente de Caruaru