A alteração cognitiva e a desordem depressiva maior (MDD) são complicações comuns da AIDS no sistema nervoso central (CNS). Suas frequências, em pacientes com AIDS são 36 % e 45 %, respectivamente. O diagnósticos de alteração cognitiva pelo HIV é feito por critérios clínicos, não há nenhum teste único de laboratório ou biomarcador que estabeleçam o diagnóstico. Os fatores inflamatórios relacionados com dano neuronal indireto e com a patofisiologia da infecção do HIV no CNS, são os fatores estudados como biomarcadores. No presente nenhum biomarcador é estabelecido para o diagnóstico de alteração cognitiva pelo HIV, muito ainda tem para ser feito. Nesta revisão abordaremos alguns biomarcadores no líquido cefalorraquidiano que podem auxiliar no diagnóstico da alteração cognitiva e HIV. Da mesma forma o diagnostico de depressão no contexto da aids pode ser desafiante, identificar um biomarcador que possa ajudar no diagnóstico seria muito importante, embora os riscos de desenvolvimento de MDD e a neurobiologia ainda sejam pobremente entendidos.